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制藥工業專用氮氣發生器主要用于制藥生產、儲存、包裝、包裝等領域。
一般情況下，容易氧化的注射用水（青霉素等）和大輸液（如氨基酸）需要用沖洗氮氣進行保護，否則藥水在儲存期間容易氧化，即變質。一般在包裝前，采用注氮前后注氮（或單次注氮）的方法，將安瓿瓶或輸液瓶內的氧氣濃度降至0.5%以下，可長期保證藥品質量。目前一般空分設備廠家采購的設備約為5-20m3/h，純度為99.99%。醫用氮氣發生器與其他制氮設備的區別在于，與藥品或液體藥品接觸的部件均采用不銹鋼制造，滅菌要求符合制藥行業的GMP標準。設備材質為不銹鋼，在設備氮氣出口處安裝滅菌過濾裝置。另外，由于制藥廠對設備的整體要求較高，通常都有高端配置。
還有原料藥生產企業，也需要氮氣保護，使用氮氣的過程更像是精細化工廠。純度通常為99-99.9%，但用量因工廠規模而異，但遠大于制藥制氮機。
